Het Gentse biotechnologiebedrijf Devgen sluit een onderzoeksalliantie met de computergigant IBM. Devgen had behoefte aan een krachtige computerondersteuning om de ontwikkeling van medicijnen te versnellen.
De computerreus IBM richtte in augustus 2000 een Life Sciences-divisie op omdat de ontwikkelingen in de levenswetenschappen, meer bepaald in de genetica, een interessant afzetgebied voor supercomputers creëerden. Wellicht was het succesvolle partnerschap tussen computerbouwer Compaq en Celera Genomics, het bedrijf dat het menselijk genoom ontrafelde, niet vreemd aan deze beslissing.
Sindsdien lijkt het de Life Sciences-divisie van IBM echt menens. De divisie sloot allianties met snelgroeiende biotechnologie- en genomicabedrijven als Incyte Genomics, NuTec Sciences, MDS Proteomics en NetGenecs. Tevens werkt IBM aan de ontwikkeling van Blue Gene, een supercomputer met een duizendmaal hogere capaciteit dan zijn voorganger Deep Blue, waardoor Garry Kasparov in 1997 werd verslagen. Blue Gene, met een prijskaartje van honderd miljoen dollar, zal worden ingezet om eiwitstructuren op te helderen.
‘Ik probeer robots te ontwikkelen die ook echt een nieuwe stap maken’
Hoe werkt vliegen? Dat lijkt een simpele vraag, maar voor luchtvaarttechnicus en bioloog David Lentink is het een levenslange zoektocht.
Nu hebben IBM en het Gentse bedrijf Devgen een alliantie aangekondigd. Devgen, opgericht in 1997, bestudeert onooglijke nematoden of wormpjes. “De nematode is voor ons het proefkonijn of de laboratoriumrat bij uitstek om medicijnontwikkeling te versnellen,” zegt dr Wim Van Crieckinge, hoofd afdeling bioinformatica en genomica van Devgen. “We schatten dat ongeveer 70% van alle menselijke genen ook bij het wormpje voorkomen. Verder zijn de 959 lichaamscellen van de nematode ondergebracht in weefsels en organen die ook bij de mens voorkomen. We slagen er zelfs in om bij de worm ziektebeelden op te wekken die analoog zijn met aandoeningen bij de mens. Ik denk hierbij aan diabetes type II (suikerziekte), obesitas (zwaarlijvigheid), hypertensie (hoge bloeddruk), hartfalen, polycystische nieren, de ziekte van Alzheimer, tot zelfs depressie en psychose toe. Om echter al die verbanden tussen worm en mens bloot te leggen, moeten we de volledige genomen van de worm vergelijken met die van de mens en van andere organismen. Daarvoor hebben we een reusachtige computercapaciteit nodig. Die zal ons in dit partnerschap worden aangeleverd door IBM.”
Proefbuisje
De doelstellingen van Devgen blijven niet beperkt tot genomische analyse alleen. Crieckinge: “Het meest in het oog springende voordeel van de nematode ligt in zijn lengte van een millimeter en het gemak waarmee we het wormpje in het laboratorium kunnen kweken. In tegenstelling tot een muis of een rat kan de worm in een klein proefbuisje opgroeien. Daardoor komt hij in aanmerking als model voor directe in vivo-medicijnontwikkeling. Dat is potentieel een veel kortere weg om nieuwe medicijnen aan te maken.”
Op de klassieke manier wordt het medicijn eerst in de reageerbuis getest en daarna pas op dieren. Vele potentiële medicijnen vallen in dat stadium af omdat ze in het diermodel onvoldoende werken of zelfs giftig blijken te zijn. Misschien worden ze niet opgenomen door de darm, of interageren ze met andere cellen en organen dan waarvoor ze bedoeld zijn. Devgen maakt zich sterk dat het deze problemen kan vermijden door rechtstreeks op wormpjes te testen die in een reageerbuisje groeien. Binnen een beperkte tijd kun je vele duizenden stofjes onderzoeken in wormpjes met bijvoorbeeld suikerziekte of obesitas. Herstelt het wormpje, dan weet men meteen dat het medicijn ook in een diermodel werkt.
