Elke stad heeft zijn eigen unieke microbioom, blijkt uit een omvangrijke studie van microben in zestig stedelijke gebieden wereldwijd. Diezelfde studie ontdekte ook elfduizend nieuwe virussen en bacteriën.
Hoogleraar fysiologie en biofysica Christopher Mason van de Cornell-universiteit in New York en zijn team vroegen collega’s over de hele wereld om monsters te verzamelen uit het openbaar vervoer, bijvoorbeeld uit metro’s. De monsters, 4728 in totaal, werden verzameld tussen 2015 en 2017. Ze komen onder andere uit Londen, New York, Rio de Janeiro en Tokio. 58 procent van de steden ligt in Oost-Azië of Europa.
De nylon wattenstaafjes werden in een buisje gestopt met een middel dat genetisch materiaal behoudt. De monsters werden vervolgens genetisch geanalyseerd om te kijken welke bacteriën en virussen zich op de oppervlaktes bevonden. ‘Ik ga elke dag met de metro naar het lab, dus ik wilde weleens weten wat ik met mijn handen vastpak’, zegt Mason.
Kunnen fagen helpen in de strijd tegen antibioticaresistentie?
Faagtherapie kan de toegenomen antibioticaresistentie het hoofd bieden. Deze kleine virussen kunnen specifieke bacteriën doden.
Forensisch onderzoek
Elke stad kreeg een endemiciteitsscore. Die geeft het aantal microbiële soorten weer dat redelijk constant (of: endemisch) voorkomt in een specifiek gebied. Die microben vormen een unieke vingerafdruk voor elke stad.
Hoe groter de stad, hoe complexer en diverser het microbiële leven. In elke stad, ongeacht hoe groot, was er gemiddeld 0,056 procent verschil in microbesamenstelling per kilometer afstand tussen twee monsters.
‘We kunnen waarschijnlijk met 90 procent nauwkeurigheid vaststellen waar iemand vandaan komt’, zegt Mason. ‘En hoe meer monsters we verzamelen, hoe beter de data wordt.’
Dit suggereert dat de stedelijke microbiomen een rol kunnen spelen bij forensisch onderzoek. Zo zouden ze misschien gebruikt kunnen worden om vast te stellen of een persoon recent nog een bepaalde stad heeft bezocht.
Nieuwe virussen opsporen
Mason en zijn team ontdekten 10.928 nieuwe virussen en 748 nieuwe bacteriën die in geen enkele database nog te vinden waren. ‘Ik was verrast door die gigantische aantallen’, zegt hij. ‘Ik denk dat het een prachtige bevestiging is dat er nog ontzettend veel te ontdekken valt over de wereld.’
De onderzoekers zijn van plan om nog meer monsters te nemen, van oppervlaktes tot afvalwater. Ook willen ze monsters analyseren bij de komende Olympische Spelen in Tokio – als die doorgaan. Ze hopen om deze resultaten te integreren in volksgezondheidsregisters om zo nieuwe virussen op te sporen.
