Amsterdam (NL) – El Niño veroorzaakte in 1997 extreme droogte in de bossen op Java. Een Amsterdamse promovendus toonde met DNA-onderzoek aan dat dit de biodiversiteit stevig aantastte.
In de dennenbossen van Midden-Java is het vochtgehalte van de bodem normaal 60 tot 75 procent. Door El Niño droogde de bodem in 1997 bijna volledig uit. Het vochtgehalte reikte niet verder dan 10 procent. Dr Agna Krave van de Vrije Universiteit Amsterdam mat met denaturerende-gradiënt-gel-elektroforese (DGGE) wat het effect was op de bacteriële soortensamenstelling.
DGGE is een scheidingstechniek voor DNA. Twee tegenover elkaar liggende strengen die de erfelijke code dragen, vormen het DNA-molecuul. Onder invloed van chemicaliën laten de twee strengen los. Het DNA denatureert. Bij DGGE beweegt DNA onder invloed van een potentiaal van de ene kant van een platte bak naar de andere kant door dikke gel, waarbij de concentratie denaturerende chemicaliën toeneemt. Als twee stukken dubbelstrengs DNA maar één codeletter van elkaar verschillen, zullen ze bij een net andere concentratie chemicaliën denatureren. Het molecuul loopt dan niet verder door de gel en hoopt zich op. Twee monsters van verschillende stukken DNA zullen zich dus op twee verschillende plekken op de gel ophopen.
Agna Krave isoleerde bacterie-DNA uit de bodem van de dennenbossen van Midden-Java en spoot dit op de DGGE-gel. Van een heleboel bacteriën is bekend op welke positie op de gel hun specifieke DNA halt houdt. Zo kon hij precies zien welke bacteriën er wel en welke er niet meer in de bodem voorkwamen.
Ondanks de natte periode die volgde op El Niño, bleven sommige stikstofbindende en stikstofafbrekende bacteriesoorten na de droogte volledig weg. Maar Krave zag op zijn gel ook DNA van nieuwe bacteriesoorten. De afbraak van organische stoffen in de bodem herstelde zich daarmee wel. Niets aan de hand dus? Bodembiologen als professor van Straalen van de VU maken zich er wel zorgen om. “Het lokaal uitsterven van soorten is altijd onwenselijk en bovendien is nog niet duidelijk wat het effect van de verschuiving in de soortensamenstelling is op de lange termijn.”
Jelka Lustenhouwer
